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En Enero de 1998 acontece un hecho relevante para la Historia como ciencia. La Congregación del Santo Oficio y la Congregación del Índice abren sus archivos al público general. Ya se podía acceder a ellos con anterioridad, pero de forma restringida y con un permiso especial . Ahora, cualquier historiador, estudioso o investigador, puede cotejar datos leer originales y dejar de aludir a secretos vaticanistas. Meses después de este hecho, y para poder hacer una profunda y sincera reflexión sobre los errores, incoherencias y retrasos a lo largo de los siglos, se organizó en el Vaticano un Simposio Internacional sobre la Inquisición. Fue una de las raras ocasiones en que medievalistas, modernistas y contemporáneos se encontraban reunidos para estudiar el tema específico de la Inquisición. Después de siete años se han publicado las Actas del Simposio Internacional sobre la Inquisición. Veamos que descubrimos en ellas:
La tortura, por ejemplo, no comenzó a aplicarse hasta 1252, cuando el Papa Inocencio IV la autorizó, teniendo en cuenta algunos límites como el de prohibir llegar al extremo de la mutilación o poner en peligro la vida del imputado. "En el derecho inquisitorial - puntualiza el profesor Agostino Borromeo, miembro del comité científico del Simposio-, la tortura no era un procedimiento para arrancar una confesión, sino, según la mentalidad de la época, un medio de prueba: quien bajo los tormentos , se afirmaba en sus declaraciones precedentes y continuaba proclamando su inocencia, no podía ser condenado".

La novedad que aportaron los tribunales de la Inquisición se basan en la responsabilidad que recaía sobre los jueces de dichos tribunales. Anteriormente, el Derecho canónico contemplaba un solo procedimiento para los procesos, el acusatorio: el juez iniciaba la acción judiciaria solamente ante una acusación, y el peso de la prueba recaía sobre el acusador. Si éste no conseguía probar los hechos, se hacía merecedor de la misma pena que hubiera sido impuesta al acusado si hubiera sido encontrado culpable.
La Inquisición tuvo su mayor actividad en los siglos XIII y XIV. En el siglo XV comenzaron a desaparecer los grandes movimientos heréticos (cátaros o valdenses). En este momento se comienza a hablar de una segunda fase de la historia de la Inquisición. En 1478 , los Reyes Católicos obtienen del Papa Sixto IV la autorización para designar inquisidores contra una nueva herejía, el criptojudaísmo, cometida por los conversos del judaísmo que no dejaban de practicar los ritos judíos en secreto. La inquisición en España celebró entre 1540 y 1700, 44.674 juicios. Los acusados condenados a muerte fueron el 1.8% y de ellos el 1.7% fueron condenados en contumancia, es decir, no pudieron ser ajusticiados por estar en paradero desconocido; en su lugar se quemaba o ahorcaba a muñecos. Los tribunales fueron suprimidos entre la segunda mitad del siglo XVIII y en las primeras décadas del siglo XIX. El último tribunal que desapareció fue el español, abolido en 1834



En el año 1080 escribió el Papa Gregorio VII al rey Harald de Dinamarca quejándose de las costumbre de los daneses de hacer responsables a ciertas mujeres de las tempestades, epidemias y toda clase de males, y matarlas luego del modo más bárbaro. La Iglesia no creía que existieran las brujas y por tanto no podía condenarlas. Más tarde esto cambiaría. Las primeras actas conocidas sobre brujería en los tribunales de la Inquisición datan de 1400. Se refieren a una secta de brujas que renuncian al cristianismo y adoran al diablo. Cuando los inquisidores comenzaron a mezclar teología con brujería, los tribunales civiles ya hacía tiempo que practicaban las torturas y ejecuciones salvajes contra las brujas.

Concretamente los tribunales eclesiásticos fueron mucho más indulgentes que los civiles. De los 125.000 procesos de su historia, la Inquisición española condenó a muerte a 59 brujas. En Italia fueron 36, y en Portugal 4. Si sumamos estos datos no se llega ni siquiera a un centenar de casos, contra las 50.000 personas condenadas a la hoguera, en su mayoría por los tribunales civiles, en un total de unos cien mil procesos (civiles y eclesiásticos) celebrados en toda Europa durante la edad moderna.